Sicher war in Crostau eine Fassung des Orgelprospektes und des Gehäuses erwogen worden. Allein widrige Umstände, nämlich die Verhaftung des Grafen Christian Heinrich von Watzdorff am 3. April 1733 und die bis zu seinem Tode 1747 andauernde Gefangenschaft auf der Festung Königstein, verhinderten die sonst nach Fertigstellung der Orgel noch zu erledigende Arbeit.

Die Kirchgemeinde war aus finanziellen Gründen auch in den folgenden reichlich 130 Jahren nicht in der Lage, das Gehäuse fassen zu lassen. So blieb es samt Schnitzwerk bis Juni 1868, solange die Orgel in der alten Kirche stand, im natürlichen Holzton geblieben. Bis zu diesem Zeitpunkt war außer der Crostauer Orgel nur noch die Orgel in Dittersbach (1726) ungefasst. Das Crostauer Orgelgehäuse erhielt nach 1870 einen weißen Ölanstrich, der im Jahr 1958 anlässlich einer Renovierung des Kircheninneren sogar erneuert wurde.
1978. – Einige Jahre vor dem damals bevorstehenden Jubiläum 250 Jahre Silbermann-Orgel zu Crostau wurde die unterbliebene Farbfassung geplant und schließlich 1981/82 auch ausgeführt. Als Vorlage diente vor allem die Fassung der Silbermann-Orgel in Forchheim (1726). Auf die zahlreichen, das Forchheimer Orgelgehäuse zusätzlich schmückenden Ornamente ist ganz bewusst verzichtet worden.
– Innerhalb der DDR war es nicht möglich, das benötigte Blattgold zu beschaffen. Der aus Crostau gebürtige, zu jener Zeit in Weiden in der Oberpfalz amtierende Pfarrer Gilbrecht Greifenberg sammelte in seiner Pfarrgemeinde Spenden, mit denen das Blattgold erworben und zu je 10 mg pro wertversiegeltem Brief 53 einzelnen Crostauer Kirchgemeindeglieder gesandt werden konnte.

1981/82. – Das gesamte Pfeifenwerk (über 1000 Metall- und knapp 100 Holzpfeifen) wurde gründlich überholt; ebenso die Ton- und Registertraktur, die Gebläseanlage und der gesamte Spielschrank, einschließlich der Klaviaturen. Die nicht zu einer historischen Orgel passenden Schalter für Beleuchtung und Orgelmotor wurden unauffälliger als bisher angebracht.

Nun zeigt sich der Spielschrank der Orgel wieder in seiner ursprünglichen Schönheit: mit Ebenholz belegte (schwarze) Untertasten, die Obertasten mit Elfenbein belegt; zum allergrößten Teil noch originale, auf Papier geschriebene Beschriftungen der Registernamen; das ursprüngliche, in der Orgel wieder aufgefundene Notenpult. In Anlehnung an ursprüngliche Formen wurde die Pedalklaviatur erneuert: 1933 der Klaviaturrahmen und 1994 der Tastenbelag.

Der langjährige Crostauer Kantor Christoph Schwarzenberg (1939-2014), pflegte über seine Dienstzeit als Kantor in Crostau von 1967 bis 1990 hinaus bis ins Jahr 2010 die Pflege der Silbermann-Orgel fort. Dass er zusätzlich den Beruf des Orgelbauers gelernt hatte, sollte sich als Glücksfall für die Crostauer Kirchgemeinde erweisen. Ohne ihn wäre schon allein die Orgelreparatur von 1981/82 nicht denkbar gewesen. Christoph Schwarzenberg gebührt mit Blick auf den Erhalt der Crostauer Silbermann-Orgel ein besonderes Gedenken. 

Hinzu kam die Durchführung der Orgelkonzerte, die das Instrument überregional bekannt machten, sowie viele Dutzend jährlicher Orgelführungen. Trotz seiner Invalidisierung im Jahr 1990 und schwerer Krankheit sorgte er sich weiterhin gemeinsam mit seiner Frau Gudrun Schwarzenberg liebevoll um die Orgel. Die dadurch recht geringen Wartungs- und Instandhaltungskosten ermöglichten die Bildung finanzieller Rücklagen für die Orgel, die einen wichtigen Grundstock für die Restaurierung 2016 bildeten.

Am 18. April 2016 wurde durch Pfarrer Karl-Friedrich Kottmeier und Frau Anne-Christin Eule, Geschäftsführerin der Orgelbaufirma Eule, Bautzen der Bauvertrag über die Restaurierung unterzeichnet.

Restaurierungsziel war die Wiederherstellung des baulichen und klanglichen Zustandes des Instrumentes von 1732, um dem hohen musikalischen und künstlerischen Wert der Orgel gerecht zu werden, sowie der Einbau einer motorisierten Balgaufzugsanlage, die die klanglich optimale
Windversorgung in jedem Fall gewährleistet.

Folgende Arbeiten wurden ausgeführt:

• Die zugänglichen Orgelbauteile wie Trakturen, Klaviaturen, Gehäuse, Windladen oder Bälge wurden gereinigt und dekontaminiert von giftigen Holzschutzmitteln aus der DDR-Zeit. Im Zusammenhang mit der verbesserten klimatischen Situation von Kircheninnenraum und Orgel durch die eingebaute automatisierte Lüftungsanlage sollte ein neuer Schimmelbefall von Holzteilen der Orgel sehr unwahrscheinlich sein. Bereits in den Monaten März bis April 2016 wurde die automatisierte Lüftungsanlage in die Kirche eingebaut, die die Feuchtigkeit im Kirchraum regulieren soll und so dem bisherigen Schimmelbefall an der Orgel die Grundlage entzieht. Die seitlichen Anbauten von 1933 wurden entfernt, einzelne Durchbrüche und Trockenrisse am Gehäuse geschlossen. Die historische Ansicht des Orgelgehäuses ist damit wiederhergestellt. Die nicht originalen Tasten Cis in den Manualklaviaturen wurden ausgebaut, die beschädigten Ebenholz-Tastenfronten ergänzt, außerdem einzelne Ebenholz-Tastenbeläge und drei Elfenbein-Obertastenbeläge erneuert.Die Schellack-Politur im Spieltischbereich wurde überarbeitet. Eine neue Pedalklaviatur im Stil Silbermanns wurde eingebaut. Die Ansicht des Spieltisches und das Spielgefühl sind somit rückorientiert auf den Originalzustand.
• Die Registerzüge wurden rückgeordnet, der nicht originale Manualkoppelzug und die Schwebung entfernt; dafür die Motoreinschaltung als „Wind“-Zug eingebaut, sowie das Calcanten-Glöcklein wieder in Betrieb genommen.
• Die Registerschilder restaurierte Diplom-Restaurator Jürgen Knoop angesichts z.T. großer Schäden durch die Eisen-Gallustinte. Durch Hinterkleben mit Japanpapier – soweit das Ablösen der Registerschilder noch möglich – dient dem möglichst langen Erhalt der Schilder. Die Aggressivität der Tinte ließ die einzelnen Beschriftungen nur noch recht verwaschen erscheinen. Ein behutsames Nachziehen hat nun Deutlichkeit und Schönheit der Registerschilder stark verbessert. Die neu anfertigten drei Registerschilder („Wind“, Quinte 1 1/3 (Original nicht erhalten) und „Coppel) fügen sich harmonisch in das Gesamtbild ein.
• Elektro-Fa. Schölzel erneuerte die Orgelelektrik umfassend, die Beleuchtung des Spieltisches wurde unauffälliger als bisher angebracht. Der neue, abnehmbare Spiegel greift nicht in die Originalsubstanz ein, verbessert aber die Möglichkeiten zum Zusammenspiel z.B. mit anderen Instrumenten enorm.
• Eine Transponierklaviatur für das Zusammenspiel mit modernen Instrumenten wurde hergestellt.
• Mit Blick auf die Tontraktur wurden folgende Arbeiten ausgeführt: Entfernung der Austuchungen der Achsen des Pedalwellenbrettes, Ersetzen abgesägter Wellenärmchen; beim Wiedereinbau Rückhängen der Traktur, Reparatur von Abstrakten, Entfernung von Kunststoffüberziehern, Einsetzen von Pergamentstreifen. Fast alle Ledermuttern wurden in Bauart Silbermanns erneuert. Die Ventilfedern wurden einreguliert. Die leicht vermehrten Trakturgeräusche geben den historischen Eindruck wieder. Die vielgerühmte leichte und angenehme Spielbarkeit, die an der Crostauer Orgel schon lange schmerzlich zu vermissen war, ist wiederhergestellt. Auch die Registertraktur wurde gereinigt, die Schubstangenabgriffe und Lagerungen wurden durchgesehen, ggf. vorhandenes Spiel durch Pergamentstreifen beseitigt.
• Die Windladen als sehr wesentliches Element der Restaurierungsarbeiten wurden gereinigt, offene Risse wurden verleimt bzw. Trockenrisse ausgespänt. U.a. die Fundamentbrettfugen, Ventile, die Unterseite der Windladen und die Windkastenspunde wurden abgedichtet durch Abledern oder Pergamentieren. Auch die Registerschleifen machten spezifische Restaurierungsarbeiten, z.B. Aufstiften und Abrichten, notwendig. Durchgespielte Ventilösen mussten erneuert, die Ventile neu beledert werden. Die Lederpulpeten wurden erneuert unter Einbeziehung von 1/3 der alten Messingdrähte und 90 % der alten Weidenröhrchen. 20% der Ventilfedern wurden neu angefertigt. Eine Lackschicht auf den Pfeifenbänkchen wurde entfernt. Die in den letzten Jahren häufig auftretenden Fehltöne (Durchstecher) sind in Folge völlig verschwunden, die für Silbermann-Orgeln typische Zuverlässigkeit wiederhergestellt. Neben der Dekontaminierung der Holzpfeifen wurden deformierte Metallpfeifen ausgeformt, eine fehlende Pfeife und ein fehlender Posaunenbecher nachgefertigt. Die Kehlen von Posaune 16' wurden unter Beibehaltung der wohl originalen Kehlenbelederung gerichtet.
• Die vielen Kanalstutzen wurden zusammengelegt, um anhand der Holzmaserung die Wiederherstellung der ursprünglichen Verwendung zu ergründen. Weitgehend konnte diese wiederhergestellt werden. Die zusammengehörenden Kanalstutzen wurden wieder verleimt, der Hauptkanal unter den Bälgen ergänzt, ebenso der fehlende Sammelkanal hergestellt und eingebaut. Auch der senkrechte Hauptkanal war reparaturbedürftig. Das originale Kropfventil musste instandgesetzt, das fehlende nachgebaut werden. Die beiden Keilbälge wurden unter Erneuerung von Teilen der Flechsen und erneuerter Belederung nach vorgefundener Weise restauriert. Unter der Belederung wurde eine Unterpapierung als Korrosionssperre vorgenommen. Stellenweise wurden die Balgplatten gegen Anobienbefall imprägniert. Unter die Öffnungen der Fangventile wurden neue Sammelstutzen eingebaut. Die Fangventile wurden an die Unterseite der Sammelstutzen versetzt.   Beim Wiedereinbau und dem Anschluss aller Kanäle vom Hauptkanal zu den Windladen wurden alle Fugen in vorgefundener Weise neu beledert. Die aufwändige Kanalkonstruktion mit den Fangventilen beider Bälge hin zum Schleudergebläse und beider Motorwindkanäle vom Gebläse zu den beiden Bälgen wurde zeichnerisch dokumentiert. Nach der Herstellung von Sammelstutzen wurden diese unter den Öffnungen der Fangventile angebracht. Die Ansaug-, Motorwindkanäle und die Winddrosseln wurden aus massivem Vollholz gefertigt, der Einbau mit Lederflansch und Drosselschnur-Umlenkungen vorgenommen. Konstruktionsfugen wurden mit Lederstreifen abgedichtet. Für die Claves und die Schubstangen mussten die nötigen Metallteile hergestellt werden, ebenso die Schubstangen und die Calcantenbank. Die Clavesbalken und der zugehörige Lagerbalken waren noch original erhalten und wurden wieder in Betrieb genommen. Das Schleudergebläse wurde in einen Motorschutzkasten eingebaut und angeschlossen. Tragebalken und „Clavesschuhe“ für die Montage der Balgaufzugsanlage wurden konstruiert. Damit konnte die Balgaufzugsanlage als letztes Element eingebaut und in Betrieb genommen werden.
• Der Winddruck wurde auf 74 mm WS eingerichtet. Alle Register wurden unter Beibehaltung des Klangcharakters nachintoniert. Einzelne Pfeifen erhielten für die Erzielung der gewünschten Stimmungsart Stimmringe aus Weißblech. Die Silbermann-Orgel wurde auf 466 Hz, dem „hohen Chorton“, nach Neidhardt II (1724) eingestimmt.
• Die Darstellung von Orgelmusik in historischer Höhe und mit den Vorzügen der Tonartencharakteristik durch die historische Temperierung rundet die Vorzüge der wohl wertvollsten Barockorgel Ostsachsens ab und ermöglicht ein in Ostsachsen einmaliges Erleben des historischen Klangbildes einer vorzüglichen Barockorgel.
• Zu allen bisherigen Orgelkonzerten wurde die Orgel von einem Calcanten über die rekonstruierte Windanlage nach historischer Art  durch Menschenkraft mit Wind versorgt. Zum Adventskonzert am 11. Dezember, dem 3. Advent, wurde erstmals die motorisierte Balgaufzugsanlage in öffentlich zur Windversorgung genutzt. Der musikalische Gebrauch der Orgel ist nun also in der Klanggestalt von 1732 möglich und üblich. Unruhe im Klang durch das Motorgebläse ist nur beim Üben in Kauf zu nehmen, wodurch die Belederung der Bälge geschont wird. Für den konzertanten Gebrauch ist mit Calcantenbetrieb und des Ersatz durch die Balgaufzugsanlage die musikalisch optimale Windversorgung immer abgesichert.
• Der Maler- und Restaurierungsbetrieb Markus Pohl, Bautzen, nahm die Neufassung des Orgelprospektes unter Beibehaltung eines wesentlichen Teiles der Polimentvergoldung von 1982 vor. Die in Nuancen veränderte Farbgebung der Orgel, die besser mit dem Kirchenraum im derzeitigen Zustand und auch in der zu rekonstruierenden Farbfassung von 1870 harmoniert, legte das Landesamt für Denkmalpflege (Dr. Ulrich Rosner) fest. Der bisher andersfarbige Orgelsockel, den Carl Eduard Schubert 1870 beim Einbau der Silbermann-Orgel in die neue Kirche anfertigte, trägt nun den Grauton des unteren Prospektteiles und fügt sich diesem nahtlos an. Im selben Grau ist nun die vorher andersfarbige Orgelbank gestrichen und wirkt so als Teil der Orgel. Am 4. September wurde die Silbermann-Orgel nach Abschluss der wesentlichen Arbeiten durch unseren sächsischen Landesbischof Dr. Carsten Rentzing feierlich wieder eingeweiht. 

Am 20. September 2016 nahm der kirchliche Orgelsachverständige, Kreuzorganist Holger Gehring, die wesentlichen Teile der Restaurierung ab. Die Abnahme der Transponierklaviatur und der Balgaufzugsanlage, die später fertiggestellt worden waren, sowie die denkmalpflegerische Abnahme der Restaurierung durch Herrn Dr. Hodick, Orgelsachverständiger des Landesamtes für Denkmalpflege Dresden, fand am 21. Januar 2017 statt.